Западный Казахстан – море. Остальная часть Казахстана – пустынная суша. Джунгарское море уменьшилось до озера среднего размера – его западный вытянутый залив заполнил Зайсанскую впадину. На месте Западной Бетпакдалы – соленое озеро. Поднялся и расширился Алтай. Стал выше Казахский мелкосопочник – его рельеф стал среднегорным. Западный и Центральный Казахстан разделял Палеоуральский хребет. На юге Семиречья – вулканическое плато.
Стал более разнообразным видовой состав рептилий, хвощевых, кордаитовых (до раннего триаса), беннеттитовых (до мела) и хвойных. Рифообразующие организмы – мшанки, кораллы, криноидеи (морские лилии), губковые, цианобионты и водоросли. Переживали расцвет двустворчатые моллюски, ракушковые ракообразные, аммоноидеи. В начале периода появляются жуки.

Крупнейшее вымирание флоры и фауны произошло в конце пермского периода – во время существования суперматерика Пангея. Сходящиеся в единый континент материки закрывали моря и огромные пространства суши перестали испытывать смягчающее морское увлажнение. Не все морские биоты имели возможность мигрировать из мелеющих морей, также как не всем биотам суши удавалось покидать засушливые пространства. Сокращались площади шельфов - наиболее благоприятные для жизни области и соответственно богато заселенные морской фауной и флорой.

Однако главной причиной массового вымирания стали крупнейшие извержения базальтовых лав в Северной Сибири 252 млн лет назад в самом конце пермского периода, продолжавшиеся около 165 000 лет и покрывшие значительную часть Сибири базальтовыми полями. Катаклизм был вызван крупнейшим магматическим потоком – плюмом. Это была  крупнейшая экологическая катастрофа за последние полмиллиарда лет в истории Земли: тогда исчезло свыше 90% морских обитателей – погибали целые рифы, даже трилобиты, которые 300 млн лет были самыми распространенными морскими животными; вымерло 70% сухопутных видов животных; погибло множество видов деревьев, исчезли и многие более мелкие виды растений.
В то время в Сибири произошло одиннадцать серий извержений, жерла извергли свыше 5 млн км³ пепла и лавы – достаточно, чтобы покрыть всю поверхность планеты слоем толщиной 20 метров. Активность сибирских вулканов резко изменила климат и химический состав воды и атмосферы. В атмосфере планеты во время извержений стояла мглистая дымка вулканических газов и пыли, которая отражая солнечный свет вызывала охлаждение планеты. Начали выпадать кислотные дожди отравлявшие почву и воды. И охлаждение, и отравление, вызванное вулканами, были способны быстро погубить большую часть живого на планете. Из-за похолодания в полярных областях начали накапливаться льды, что вызвало опустынивание почти по всей планете. Эта биологическая катастрофа растянулась на 80 000 лет.

В течение перми в Казахстане вымерли фораминиферы – фузулиниды, кораллы – табуляты и четырехлучевые, трилобиты, хиолиты, некоторые отряды брахиопод и мшанок, морские бутоны, большинство морских лилий, рыбы – акантоды, древние лучеперые, кистеперые, двоякодышащие, некоторые земноводные; среди растений вымерло большинство папоротниковых, начинают вымирать хвощевидные, плауновидные и ряд голосеменных. Фитогеографические области карбона какое-то время сохранялись.

В Казахстане богаты местонахождения раннепермской жизни в Актюбинской области на реке Актасты (рифовые водорослевые известняки) и в Домбарских холмах (аммониты).

Соляной купол Ходжамумин. Таджикистан. В пермском периоде происходило самое значительное в истории Земли соленакопление в водоемах	Сибирские траппы. Базальтовое плато Путорана. Фото V.Kantor	Окаменевшее морское дно. Поздняя пермь. Мангышлак
Участок дна раннепермского водоема (с прорисовкой окаменелых рыб). Западный Казахстан. Рыбы палеониски и цилиндрихты погибли при пересыхании водоема. Палеонтологический музей. Москва	Палеонтологический музей. Москва	Отпечатки рыб. Восточный Казахстан. Саур. Восточно-Казахстанский областной историко-краеведческий музей. Усть-Каменогорск
Жук Ichthyocupes tyzhnovi Rohdendorf. Восточный Казахстан, Горы Саур. Поздняя пермь. Атлас ископаемых жесткокрылых. А.Г. Пономаренко, А.Г. Кирейчук. Фото Д.Е. Щербаков	Жук Semenoviola obliquotruncata Martynov. Восточный Казахстан, Горы Саур. Поздняя пермь. Атлас ископаемых жесткокрылых. А.Г. Пономаренко, А.Г. Кирейчук
Аммонит. Ранняя пермь. 280 млн.лет. Мангышлак. Ammonit.ru	Аммониты. Ранняя пермь. 280 млн.лет. Актюбинская область. Геологический музей. Москва	Наутилида. Пермь. Мангышлак. Ammonit.ru
Отпечатки листьев кордаитовых. Поздняя пермь. Северное Прибалхашье	Отпечатки листьев Phylladoderma stenuifolia (порядок пельтаспермовые голосеменных). Поздняя пермь. Северное Прибалхашье